华宇娱乐手机端-是否应该在大流行期间改变病毒命名规则?病毒学家们产生了分歧

华宇娱乐手机端-是否应该在大流行期间改变病毒命名规则?病毒学家们产生了分歧

  来源:Nature自然科研

  病毒学家们正在争论是否要在今年晚些时候建立一套标准化的病毒命名系统。一些研究人员说,目前的病毒命名方式杂乱无章,迫切需要这样一个系统。但另一些人说,现在不是讨论命名惯例的时候,因为病毒学家们正专注于抗击新冠疫情。

在透射电子显微镜下看到的冠状病毒的颗粒 | AMI Images / Science Photo Library

  病毒学家目前命名“物种”(species)——最基本的分类等级——的方式有好几种,通常是根据病毒的发现地、寄生动物或其引起的疾病来命名。许多人认为,缺乏命名规范让经常需要鉴定新病毒的研究人员无所适从。当病毒的常用名与其种名相同时,也会造成混乱,如引起天花的天花病毒(Variola virus)。

  国际病毒分类委员会(ICTV)是一个专门负责病毒类群命名的机构。该机构提出了[1]一个命名系统,将于10月进行表决。如果该系统被采纳,或将改变已经命名的6500多种病毒的全部命名方式。 

  澳大利亚悉尼大学的病毒学家Edward Holmes说:“制定一个标准化的病毒种类命名分类方案显然是好的,也是正确的,因为目前的‘系统’完全是混乱的,让我们这些经常鉴定新型病毒的人员很无奈。”不过,这项工作“与全球大流行相比,肯定不是什么‘紧急事务’”,他说。 

  其他研究人员认为,现在是采取行动的最佳时机。加州大学旧金山分校的病毒学家Eric Delwart说,过去15年来,得益于基因组测序技术,被鉴定出来的病毒和物种数量呈现加速增长。“我们正处在病毒发现的黄金时代,现在是开始整理海量病毒基因组的好时机。”他说。

  这方面的争论是在研究人员讨论另一个命名问题时出现的:如何对全世界正在测序的数万个SARS-CoV-2(导致COVID-19的病毒)基因组进行分类?在演化上相近的同种病毒类群通常被归为同一个谱系。追踪它们非常重要,因为病毒可能会出现更具传染性或更危险的突变。ICTV只针对物种命名制定了规则,但Holmes和其他独立于ICTV的病毒学家提出了[2]一种命名SARS-CoV-2谱系的方法。

  时间压力

  目前,对病毒名称仅有的要求是斜体(第一个字大写)、适当的清晰度、字数尽可能少——但有些名称还是很长,如印度尼西亚番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl Indonesia virus)。12月3日,ICTV执行委员会成员在《病毒学档案》(Archives of Virology)上发表了一篇论文[1],提出了新的名称格式,其中物种名称将限制在两个字。

  第一个字是属(以-virus结尾),属的定义是一组具有某些共同特征的物种。第二个字有三种选择:一是坚持使用拉丁化的术语,与命名生物体的类似规则一致,如智人(Homo sapiens);二是限制为数字或字母,如Alphacoronavirus 1;三是使用任意字符集。也就是说,现有的名称要么将被浓缩为一个单一的、可能是拉丁化的单词,要么是一个数字或字母。

  该论文是几年来公开讨论的结果,它邀请研究人员在6月30日之前提出反馈意见,然后在委员会10月举行的下次会议上作出决定。之后,该决定将报由ICTV所有成员进行表决。

  不过,有几位病毒学家说,他们当时并没有注意到这篇论文,而是完全投身于抗击新冠病毒的工作中。“在一个理想的世界里,我们都会看到这些期刊的,但我们现在要读的文献多如牛毛。”密歇根大学的病毒学家、美国病毒学协会(ASV)的财务处长Katherine Spindler说。ASV是世界上最大的病毒学社区之一,在大约20个国家有3000多名成员。“分类学并不影响我的工作。只有在我写论文的时候才会想起来。”Spindler说,她是在6月30日截止日期后才得知征求意见一事。她和ASV执行委员会的其他成员于7月9日写信给ICTV委员会,表示他们的成员没有足够的时间来考虑这个问题。

  澳大拉西亚病毒学协会(AVS)代表澳大利亚和新西兰的约700名成员,于7月4日向ICTV发出了一封信。“我们认为2020年,即COVID-19年,并不是进行病毒命名重大变革的合适时机。我们的成员被其他任务压得喘不过气来,许多成员还没有时间好好考虑这个问题。”信中说。

  针对人们对时机的担忧,ICTV主席、英国格拉斯哥大学病毒学家Andrew Davison表示,该提案的一个版本已经在ICTV议程上待了有近两年的时间,但他希望委员会在会议上考虑所有相关的因素。“我同意,现在是非比寻常的时期。”他说。

  学习拉丁语

  ASV和AVS在信中还表示,他们反对强制使用拉丁语名称的想法,因为这将要求病毒学家学习拉丁语语法,而且落实起来很麻烦。这两个团体都倾向于使用任何单词作为物种名称,不过AVS的首选是维持现状,信中说。“没有必要彻底改变整个系统。”AVS主席、墨尔本伯内特研究所的病毒学家Gilda Tachedjian说。

  命名一个物种时,病毒学家其实只要知道适当的拉丁语后缀就行了,马里兰州综合研究设施(Integrated Research Facility)的病毒学家、ICTV执行委员会成员Jens Kuhn说。不仅如此,拉丁语术语也将是通用的,在以英语以外的语言发表的论文中不需要翻译。

  SARS-CoV-2多样性

  在给众多的SARS-CoV-2谱系命名时,保持一致是非常必要的——病毒学家们对此没有什么异议。目前,这些谱系正在被贴上各种各样的临时标签。“很明显,我们最终将得到超过10万条SARS-CoV-2的完整基因组序列,这是很惊人的。最重要的是要想出一个简单、合理和被广泛采用的机制,来给它们分类。”Holmes说。

  没有官方机构专门决定如何命名病毒谱系。“我们已经介入来解决这个问题。人们是否会采用是另一回事:它真的取决于使用者。”Holmes说。

  他和他的同事们提出了一种动态的方法,优先命名已经引发流行病的谱系。这些谱系将根据它们最近被分离出来的时间,被贴上活跃、未被观察到或不活跃的标签;这些标签将根据这些谱系是否仍在传播而定期重新评估。7月15日的《自然-微生物学》描述了这个方法[2],似乎已经得到了病毒学家的支持。该团队还开发了在线工具,帮助用户识别其序列属于哪个谱系。

  这样的系统更便于在一开始监测具有独特致病特性的病毒谱系,阿拉巴马大学病毒学家、ICTV执行委员会成员Elliot Lefkowitz说。